山东省国税局分析，造成企业出口退税申报率偏低的因素主要有以下四个：
部分出口企业对国家退税机制改革的理解不到位。据分析，部分企业在内部未建立起职责明确、传递高效有序的退税单证收集制度，在一定程度上影响了新发生应退税款的退税进度。由于往年陈欠退税累积较多，部分企业偏重于对往年陈欠退税的清理，尤其是今年前几个月将主要精力都集中于清理往年陈欠退税上，对２００４年度新发生应退税款的及时退税和免抵调库重视不够。
报关单回收速度慢。在海关方面，由于海关内部数据传输不及时，电子信息传送速度较慢，部分企业反映当月部分出口业务的结关信息在口岸电子执法系统中查不到，企业不能及时提交结关信息，导致纸质报关单不能打印，从而影响单证的回收进度。同时，由于个别海关工作量大，签发报关单的人手少，一般是集中打印报关单，分拣后再分送到企业，增加了报关单的签发传递时间。据估算，在正常情况下，回收一份报关单需要３０多天，如遇其他原因，时间可能更长。
在报关行方面，从报关行报关出口的货物，由于出口企业不能及时与报关行结算，拖欠费用，造成不能及时索取报关单。同时，由于部分报关行业务量较大，工作效率不高，传递纸质单证的速度较慢，货物出口后不能及时返单，需企业反复催要，影响了单证的回收进度。
在企业方面，对于委托货物代理公司报关出口的货物，一般先由货物代理公司垫付海运费等费用。货物代理公司为保证其垫付的款项能够收回，往往以单证作抵押，如出口企业不支付相关费用就不交付单证。有的货物代理公司又委托报关行办理报关手续，进一步增加了中间环节，使企业收到货物代理公司转来报关单的时间往往滞后。同时，企业出口货物需要转港装运，经验收无误后方可出具报关单，依据传回的信息签发报关单，大大增加了时间。而企业在货物出口后不及时向海关申请打印纸质报关单，也造成纸质单证回收滞后。对于打印出错的报关单，要进行更改一般需要花费３０天以上的时间，而多笔出口的货物，如其中一笔报关单出现错误，必须等报关单更正后才能进行核销。另外，出口企业内部有关部门之间缺乏协调，导致收回的单证不能及时交付财务部门，造成内部压单，也直接影响了报关单的回收速度。
核销单回收时间长。据了解，出口企业与国外客商主要采用信用证结算方式，多采用三个月以上的信用证，货款到账的时间在３个月以上，使企业不能及时办理外汇核销手续。而远期信用证结算方式是造成单证回收缓慢的主要因素。同时，企业结汇时间受订单影响，一笔订单要分几次发货才能完成，当所有货到齐后，客户才付款，导致跨月份发货的业务往往结汇期较长。
而有的客户为节省电汇费用，在出口多批货物后统一把货款汇付至结算银行。由于出口到达的国家距离远，从货物起运到货物抵达目的国，从检测通关再到收汇时间较长，至少需要两个月的时间，企业不能及时取得提单，无法及时结汇。同时，由于部分企业未能及时支付货运代理公司运费等原因，造成货运公司不及时向出口企业传递核销单，也导致核销单回收时间长。
另外，有的企业由于出口产品质量问题及退运等原因造成不能及时结汇；有的企业出口报关后，货物等待发出的时间较长；银行遇节假日时不能及时办理相关手续等原因也会延误外汇核销手续。同时，由于外汇核销系统不完善，速度比较慢，使得网络经常无信息。如个别企业报关出口后，３０日内能核销的占５％，６０日内能核销的占５０％，超过３个月核销的占４５％。
增值税专用发票回收慢。由于部分出口企业资金紧张，不能及时付款，无法及时取得增值税专用发票，从而造成企业不能进行退税申报。而个别企业财务人员在取得增值税专用发票后不及时认证，导致增值税交叉稽核信息传递慢，不能及时办理退税。此外，由于今年以来出口退税政策及管理变动较大，出口退税申报、审核软件升级频繁，加之企业办税人员的更换也较活跃，对新退税申报软件操作不熟练，也造成申报软盘不符合要求，需反复进行修改，影响了出口退税的申报速度。
为有效解决企业出口退税申报率偏低的难题，山东省国税局提出以下对策建议：
１．出口企业应提高对退税单证收集和申报重要性的认识，切实加强组织管理。出口企业应根据退税新政策及时调整人员结构，在业务部门内部设立核算员，在财务部门设立审单员、退税员，并保持人员的相对稳定。企业要建立出口退税单证快速传递制度，积极协调海关等部门加快出口退税单证和相关电子信息的出具和传递速度，并建立税企信息交换制度，与国税部门密切配合，月初由国税机关派员督导企业提前进行纳税申报，然后企业将申报信息与主管国税机关进行数据交换，从而相互沟通情况，以及时掌握企业的出口退税情况。另外，企业自身应建立严格的责任追究制度，坚持“谁主管谁负责”的原则，对于贻误工作时间，造成企业单证回收速度慢的行为，坚决追究岗位人员的相关责任。
２．外经贸部门应加强对出口企业的行业指导，督促企业加快退税单证收集。外经贸部门应积极协调当地海关、外汇管理等部门，加快出口退税单证和相关电子信息的出具和传递速度，帮助企业建立、健全有关出口退税单证传递和管理的规章制度。
３．税务、海关、外汇管理、银行等部门间应加强协调配合，提高办事效率，尤其要保证信息和网络传输的顺畅，以促进企业及时回收退税单证和加快退税进度。
４．退税部门应在严格管理、防范骗税的前提下，进一步简化办税手续，提高审核审批效率。对于审核过程中发现的退免税申报疑点和错误，属于税务部门发函核查的，应立即按规定予以核查落实；属于应由企业解决的问题应立即通知出口企业，指导企业尽快解决，并积极做好对企业出口退免税业务的培训和辅导，帮助企业解决在退税过程中遇到的难题。